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Dissertações |
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VITOR ANDRADE NASCIMENTO
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Arcabouços fibrosos de poli(ε-caprolactona) (PCL) produzidos por fiação por sopro em solução (FSS) e recobertos com gelatina tipos A ou B para o cultivo de células HaCat: Uma proposta para engenharia de tecidos aplicada a pele
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Orientador : ARNALDO RODRIGUES DOS SANTOS JUNIOR
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Data: 05/02/2025
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Danos de grandes proporções nos tecidos moles costumam ser causados por traumas, doenças, envelhecimento, ou mesmo por defeitos congênitos. O transplante autólogo é o principal método de tratamento desses defeitos ou doenças, até o momento. Todavia, a principal desvantagem desta abordagem está no fato de o tecido autólogo poder ser facilmente absorvido e rapidamente perdido em volume, de modo que apenas 40 a 60% das células dos tecidos moles permanecem viáveis. A Engenharia de Tecidos tem servido de esteio a terapias aplicáveis a distintos tecidos e órgãos e, sob um contexto de necessidade para tratamentos de lesões dérmicas, novas tecnologias e metodologias se fazem necessárias. Daí, o presente projeto é uma proposição para o estabelecimento de células de queratinócitos humanos (HaCaT) em arcabouço fibroso à base de poli(ε-caprolactona) (PCL), associado à Gelatina A ou Gelatina B para adesão e proliferação celular, a fim de mimetizar a estrutura e atividade da pele. Creio que os dados advindos de minha proposta podem fomentar novos tratamentos em medicina regenerativa, uma vez que a associação entre PCL e gelatinas melhora as condições de estabelecimento celular. Para tanto, realizei a produção do arcabouço fibroso de PCL pela técnica de Fiação por Sopro de Solução (FSS), utilizando aerógrafo, sendo este arcabouço associado à gelatina, posteriormente. Caracterizei o arcabouço produzido por meio de Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV) e por Espectroscopia de Absorção no Infravermelho por Transformada de Fourier (FTIR). Fiz também a análise morfológica e citoquímica da cultura estabelecida, para inferências quanto à viabilidade metabólica e funcional. A análise física das malhas com e sem gelatina mostrou uma malha fibrosa de PCL em que as fibras não têm orientação definida. Os resultados demonstraram a ausência de toxicidade nas amostras, tendo a análise morfológica e citoquímica da cultura estabelecida nos arcabouços fibrosos evidenciado células metabolicamente ativas. Observei o crescimento celular em todas as malhas e as células apresentaram sinais de grande atividade celular. Assim, os resultados mostram que o arcabouço fibroso à base de PCL, associado às gelatinas corrobora a adesão e proliferação celular, evidenciando seu potencial em tratamentos dérmicos.
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Danos de grandes proporções nos tecidos moles costumam ser causados por traumas, doenças, envelhecimento, ou mesmo por defeitos congênitos. O transplante autólogo é o principal método de tratamento desses defeitos ou doenças, até o momento. Todavia, a principal desvantagem desta abordagem está no fato de o tecido autólogo poder ser facilmente absorvido e rapidamente perdido em volume, de modo que apenas 40 a 60% das células dos tecidos moles permanecem viáveis. A Engenharia de Tecidos tem servido de esteio a terapias aplicáveis a distintos tecidos e órgãos e, sob um contexto de necessidade para tratamentos de lesões dérmicas, novas tecnologias e metodologias se fazem necessárias. Daí, o presente projeto é uma proposição para o estabelecimento de células de queratinócitos humanos (HaCaT) em arcabouço fibroso à base de poli(ε-caprolactona) (PCL), associado à Gelatina A ou Gelatina B para adesão e proliferação celular, a fim de mimetizar a estrutura e atividade da pele. Creio que os dados advindos de minha proposta podem fomentar novos tratamentos em medicina regenerativa, uma vez que a associação entre PCL e gelatinas melhora as condições de estabelecimento celular. Para tanto, realizei a produção do arcabouço fibroso de PCL pela técnica de Fiação por Sopro de Solução (FSS), utilizando aerógrafo, sendo este arcabouço associado à gelatina, posteriormente. Caracterizei o arcabouço produzido por meio de Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV) e por Espectroscopia de Absorção no Infravermelho por Transformada de Fourier (FTIR). Fiz também a análise morfológica e citoquímica da cultura estabelecida, para inferências quanto à viabilidade metabólica e funcional. A análise física das malhas com e sem gelatina mostrou uma malha fibrosa de PCL em que as fibras não têm orientação definida. Os resultados demonstraram a ausência de toxicidade nas amostras, tendo a análise morfológica e citoquímica da cultura estabelecida nos arcabouços fibrosos evidenciado células metabolicamente ativas. Observei o crescimento celular em todas as malhas e as células apresentaram sinais de grande atividade celular. Assim, os resultados mostram que o arcabouço fibroso à base de PCL, associado às gelatinas corrobora a adesão e proliferação celular, evidenciando seu potencial em tratamentos dérmicos.
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ISABELA DE MELO ACETO
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Superexpressão do gene VTC4 para mitigação de estresse osmótico em Setaria viridis
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Orientador : DANILO DA CRUZ CENTENO
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Data: 13/02/2025
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Os biocombustíveis desempenham um papel crucial na transição global para energias sustentáveis, mas, o desmatamento para a produção de biomassa agrava a problemática das mudanças climáticas. Assim, é imperativo a prática agrícola de menor impacto, com o uso eficiente de recursos hídricos e a conservação do solo, a fim de que a produção bioenergética não degrade o meio ambiente. A engenharia genética emerge como ferramenta para aumentar a produtividade das culturas, podendo auxiliar a desenvolver plantas com características desejáveis e impedir o avanço do desmatamento para aumento da área plantada. A integração da biotecnologia com práticas agrícolas sustentáveis é um caminho promissor para atender à demanda energética global de maneira sustentável, garantindo que a produção de biocombustíveis siga contribuindo para a preservação ambiental. Os polióis desempenham um papel crucial na fisiologia das plantas, especialmente na resposta a condições de estresse ambiental, protegendo as células vegetais contra danos causados durante o estresse. Assim, a presença e acúmulo de polióis promovem a resiliência e a sobrevivência das plantas em ambientes desafiadores, aumentando a produtividade em circunstâncias desfavoráveis. O mio-inositol é um poliol que atua como precursor para diversos metabólitos relacionados com proteção a estresse. A L-galactose 1-fosfato fosfatase (VTC4) é uma enzima que age nas vias de síntese de mio-inositol e do ascorbato. Este estudo pretende aumentar a tolerância a estresses osmóticos na planta modelo de metabolismo fotossintético C4, Setaria viridis, através da superexpressão do gene VTC4. Os resultados obtidos indicaram que a superexpressão desse gene gerou plântulas de S. viridis mais tolerantes ao estresse salino e plantas com melhores parâmetros de trocas gasosas, mas sem promover aumento de produtividade. Portanto, a inserção de genes da via do mio-inositol pode ser um caminho para a criação de linhagens resistentes a estresses osmóticos em plantas de interesse energético, mas ainda são necessários estudos que levem esse aumento de tolerância a refletir em aumento de produtividade.
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Os biocombustíveis desempenham um papel crucial na transição global para energias sustentáveis, mas, o desmatamento para a produção de biomassa agrava a problemática das mudanças climáticas. Assim, é imperativo a prática agrícola de menor impacto, com o uso eficiente de recursos hídricos e a conservação do solo, a fim de que a produção bioenergética não degrade o meio ambiente. A engenharia genética emerge como ferramenta para aumentar a produtividade das culturas, podendo auxiliar a desenvolver plantas com características desejáveis e impedir o avanço do desmatamento para aumento da área plantada. A integração da biotecnologia com práticas agrícolas sustentáveis é um caminho promissor para atender à demanda energética global de maneira sustentável, garantindo que a produção de biocombustíveis siga contribuindo para a preservação ambiental. Os polióis desempenham um papel crucial na fisiologia das plantas, especialmente na resposta a condições de estresse ambiental, protegendo as células vegetais contra danos causados durante o estresse. Assim, a presença e acúmulo de polióis promovem a resiliência e a sobrevivência das plantas em ambientes desafiadores, aumentando a produtividade em circunstâncias desfavoráveis. O mio-inositol é um poliol que atua como precursor para diversos metabólitos relacionados com proteção a estresse. A L-galactose 1-fosfato fosfatase (VTC4) é uma enzima que age nas vias de síntese de mio-inositol e do ascorbato. Este estudo pretende aumentar a tolerância a estresses osmóticos na planta modelo de metabolismo fotossintético C4, Setaria viridis, através da superexpressão do gene VTC4. Os resultados obtidos indicaram que a superexpressão desse gene gerou plântulas de S. viridis mais tolerantes ao estresse salino e plantas com melhores parâmetros de trocas gasosas, mas sem promover aumento de produtividade. Portanto, a inserção de genes da via do mio-inositol pode ser um caminho para a criação de linhagens resistentes a estresses osmóticos em plantas de interesse energético, mas ainda são necessários estudos que levem esse aumento de tolerância a refletir em aumento de produtividade.
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SAMUEL FORTINI
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AVALIAÇÃO DOS PARÂMETROS METABÓLICOS DO AMBIENTE FOLICULAR DE MULHERES INFÉRTEIS COM SOBREPESO
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Orientador : MARCELLA PECORA MILAZZOTTO
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Data: 06/03/2025
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A infertilidade é uma condição bastante prevalente, pesquisas recentes estimam que um em cada seis indivíduos sofrerá de infertilidade durante a sua vida. Por outro lado, o excesso de peso também é uma condição merece atenção, já que afeta metade da população brasileira. Além disso, existe uma tendência preocupante que sugere que mais de metade da população mundial poderá ser obesa até 2035. Dada a crescente prevalência destas duas condições, é cada vez mais comum encontrar mulheres com excesso de peso que procuram tratamento de reprodução assistida. Está bem estabelecido que o aumento excessivo de peso afeta negativamente a recuperação de oócitos, levando a uma baixa taxa de fertilização, a uma alta concentração de lipídios no líquido folicular (FF) e à produção de embriões de baixa qualidade. No entanto, identificar as causas subjacentes destes efeitos continua a ser um desafio. Neste estudo, exploramos os aspectos metabólicos do ambiente folicular em mulheres inférteis com excesso de peso e seu impacto em oócitos e embriões. Reconhecendo o número limitado de estudos enfocando folículos individuais e seu fluido folicular, conduzimos uma análise prospectiva unicêntrica envolvendo 20 pacientes. O recrutamento foi baseado no Índice de Massa Corporal (IMC), levando à formação de dois grupos: IMC Normal variando de 18,5 a 24,9 kg/m² e IMC Elevado variando de 25 a 29,9 kg/m. No dia da punção, folículos individuais foram aspirados e os fluidos foliculares foram analisados para conteúdo de glicose, lactato, insulina e Malondialdeído (MDA), importante marcador de estresse oxidativo. Avaliações morfocinéticas foram realizadas para todos os embriões produzidos a partir dos oócitos recuperados, além da mensuração da área dos oócitos maduros. Mulheres com IMC elevado apresentaram níveis duas vezes mais elevados de lactato no FF (p=0,01). Inesperadamente, mulheres com IMC normal apresentaram maior quantidade de MDA (p=0,004), enquanto os níveis de insulina e glicose não diferiram significativamente (p=0,85 e p=0,90, respectivamente). O perfil lipídico das pacientes com diferentes IMC’s apresentaram diferença em sua composição, conforme o teste de PLS-DA; esfingolipídeos, bases esfingoides e e conjugados esteroides foram identificados com classes de lipídeos mais presentes no FF de mulheres com sobrepeso. Os oócitos maduros de mulheres com IMC elevado foram menores em comparação com os de pacientes com IMC normal (p=0,03). Em relação aos parâmetros morfocinéticos, o tempo de desaparecimento de pronúcleo foi maior nos embriões provenientes de mulheres com IMC elevado (p=0,003). Com base nestes resultados, conclui-se que o IMC elevado impacta o conteúdo folicular, com consequências para o oócito e para o futuro embrião.
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A infertilidade é uma condição bastante prevalente, pesquisas recentes estimam que um em cada seis indivíduos sofrerá de infertilidade durante a sua vida. Por outro lado, o excesso de peso também é uma condição merece atenção, já que afeta metade da população brasileira. Além disso, existe uma tendência preocupante que sugere que mais de metade da população mundial poderá ser obesa até 2035. Dada a crescente prevalência destas duas condições, é cada vez mais comum encontrar mulheres com excesso de peso que procuram tratamento de reprodução assistida. Está bem estabelecido que o aumento excessivo de peso afeta negativamente a recuperação de oócitos, levando a uma baixa taxa de fertilização, a uma alta concentração de lipídios no líquido folicular (FF) e à produção de embriões de baixa qualidade. No entanto, identificar as causas subjacentes destes efeitos continua a ser um desafio. Neste estudo, exploramos os aspectos metabólicos do ambiente folicular em mulheres inférteis com excesso de peso e seu impacto em oócitos e embriões. Reconhecendo o número limitado de estudos enfocando folículos individuais e seu fluido folicular, conduzimos uma análise prospectiva unicêntrica envolvendo 20 pacientes. O recrutamento foi baseado no Índice de Massa Corporal (IMC), levando à formação de dois grupos: IMC Normal variando de 18,5 a 24,9 kg/m² e IMC Elevado variando de 25 a 29,9 kg/m. No dia da punção, folículos individuais foram aspirados e os fluidos foliculares foram analisados para conteúdo de glicose, lactato, insulina e Malondialdeído (MDA), importante marcador de estresse oxidativo. Avaliações morfocinéticas foram realizadas para todos os embriões produzidos a partir dos oócitos recuperados, além da mensuração da área dos oócitos maduros. Mulheres com IMC elevado apresentaram níveis duas vezes mais elevados de lactato no FF (p=0,01). Inesperadamente, mulheres com IMC normal apresentaram maior quantidade de MDA (p=0,004), enquanto os níveis de insulina e glicose não diferiram significativamente (p=0,85 e p=0,90, respectivamente). O perfil lipídico das pacientes com diferentes IMC’s apresentaram diferença em sua composição, conforme o teste de PLS-DA; esfingolipídeos, bases esfingoides e e conjugados esteroides foram identificados com classes de lipídeos mais presentes no FF de mulheres com sobrepeso. Os oócitos maduros de mulheres com IMC elevado foram menores em comparação com os de pacientes com IMC normal (p=0,03). Em relação aos parâmetros morfocinéticos, o tempo de desaparecimento de pronúcleo foi maior nos embriões provenientes de mulheres com IMC elevado (p=0,003). Com base nestes resultados, conclui-se que o IMC elevado impacta o conteúdo folicular, com consequências para o oócito e para o futuro embrião.
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JOÃO ALFREDO TEODORO
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BIOPROSPECÇÃO IN SILICO DA PLANTA NEOTROPICAL MANDACARU (Cereus) PARA PROPRIEDADES ANTIMICROBIANAS
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Orientador : DANILO TRABUCO DO AMARAL
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Data: 11/03/2025
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O mandacaru é um complexo de espécies de cactos amplamente conhecido no Brasil, com aplicações extensivas nas áreas medicinal, alimentícia e agrícola. Embora seja utilizado medicinalmente por populações tradicionais para tratar diversas doenças, o conhecimento sobre suas biomoléculas e potencial biotecnológico ainda é limitado, especialmente em relação às suas propriedades antimicrobianas e cicatrizantes. A resistência bacteriana a antibióticos convencionais apresenta um desafio significativo na medicina moderna. Diante desse cenário, a bioprospecção do mandacaru para aplicações biotecnológicas como antimicrobiano surge como uma nova e imperativa área de pesquisa. Neste estudo, dados transcriptômicos de três espécies de Cereus (C. fernambucensis, C. hildmannianus e C. jamacaru) foram combinados com abordagens bioinformáticas, incluindo modelagem de proteínas, docking molecular e simulações de dinâmica molecular, para identificar proteínas com potencial terapêutico no tratamento de infecções de feridas. Nossos resultados destacam o peptídeo CF267 como um agente antimicrobiano particularmente promissor, demonstrando eficácia contra uma variedade de patógenos, incluindo bactérias Gram-positivas e Gram-negativas, assim como fungos, semelhante ao peptídeo CF15. Ambos os peptídeos mostraram interações fortes com os ligantes STD e Na, embora o ligante STD tenha se destacado como o candidato mais provável para potencializar a atividade antimicrobiana. Trabalhos futuros se concentram na análise da dinâmica molecular dos peptídeos selecionados e identificar qual apresentará melhor estabilidade, e escolher o candidato mais promissor para a investigação futura.
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O mandacaru é um complexo de espécies de cactos amplamente conhecido no Brasil, com aplicações extensivas nas áreas medicinal, alimentícia e agrícola. Embora seja utilizado medicinalmente por populações tradicionais para tratar diversas doenças, o conhecimento sobre suas biomoléculas e potencial biotecnológico ainda é limitado, especialmente em relação às suas propriedades antimicrobianas e cicatrizantes. A resistência bacteriana a antibióticos convencionais apresenta um desafio significativo na medicina moderna. Diante desse cenário, a bioprospecção do mandacaru para aplicações biotecnológicas como antimicrobiano surge como uma nova e imperativa área de pesquisa. Neste estudo, dados transcriptômicos de três espécies de Cereus (C. fernambucensis, C. hildmannianus e C. jamacaru) foram combinados com abordagens bioinformáticas, incluindo modelagem de proteínas, docking molecular e simulações de dinâmica molecular, para identificar proteínas com potencial terapêutico no tratamento de infecções de feridas. Nossos resultados destacam o peptídeo CF267 como um agente antimicrobiano particularmente promissor, demonstrando eficácia contra uma variedade de patógenos, incluindo bactérias Gram-positivas e Gram-negativas, assim como fungos, semelhante ao peptídeo CF15. Ambos os peptídeos mostraram interações fortes com os ligantes STD e Na, embora o ligante STD tenha se destacado como o candidato mais provável para potencializar a atividade antimicrobiana. Trabalhos futuros se concentram na análise da dinâmica molecular dos peptídeos selecionados e identificar qual apresentará melhor estabilidade, e escolher o candidato mais promissor para a investigação futura.
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BRENDA RUFINO DA SILVA
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BIOPROSPECÇÃO DE MOLÉCULAS NEUROPROTETORAS A PARTIR DA FRAÇÃO PEPTIDÍCA DO VENENO DA SERPENTE Naja mandalayensis
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Orientador : CARLOS ALBERTO DA SILVA
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Data: 22/04/2025
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A identificação por compostos neuroprotetores vem se destacando como estratégias alternativas para o tratamento de doenças neurodegenerativas. Estudos tem demonstrado que a fração peptídica de baixa massa molecular (FP) ou peptídeos específicos do veneno da serpente Bothrops jararaca (família Viperidae) apresenta neuroproteção contra o estresse oxidativo em células primárias de hipocampo e neuronais do tipo PC12, indicando que mais serpentes e de diferentes famílias, pode ter na composição de sua FP compostos com propriedades neuroprotetoras. Assim, no presente estudo, buscou-se realizar a bioprospecção compostos neuroprotetores na FP do veneno da serpente, Naja mandalayensis (FP-Nm) da família Elapidae, em duas linhagens de células neuronais, PC12 indiferenciadas e mHippoE-18 diferenciadas, frente ao estresse oxidativo induzido pelo H2O2. No modelo de neuroproteção, células foram pré-tratadas por 4 h com a FP-Nm (10, 1 e 0,01 µg·mL-1), seguido da adição do H2O2 (0,5 mmol·L-1) por 20 h. A FP-Nm apresentou efeitos neuroprotetores apenas em células mHippoE-18. A concentração de 0,01 µg·mL-1 da FP-Nm foi capaz de aumentar a integridade celular e metabolismo mitocondrial em relação a células tratadas com o H2O2, bem como a FP-Nm sozinha diminuiu os níveis de EROs basal. A concentração de 0,001 µg·mL-1 da FP-Nm testada posteriormente neste modelo, também foi capaz aumentar a integridade das células em relação H2O2, assim como sozinha diminuir os níveis de EROs basal. A análise de label-free da FP-Nm sugeriu que a neuroproteção mediada aconteceu por meio da regulação translacional e da degradação de proteínas defeituosas por meio do complexo proteassoma. Além disso, a expressão proteica diferencial da FP-Nm alterou o metabolismo, a síntese proteica, a atividade sináptica e o transporte intracelular, sugerindo que a FP-Nm contém uma rica mistura de peptídeos bioativos de interesse farmacológicos. O subfracionamento da FP-Nm também foi realizado por cromatografia líquida de alta eficiência de fase reversa e foram obtidas 7 subfrações da FP-Nm (SFs). Estas SFs foram avaliadas frente ao estresse oxidativo, no modelo de neuroproteção, em células mHippoE-18. Ao avaliar os efeitos das SFs no modelo de neuroproteção, a SF4 e SFX foram capazes de aumentar a integridade das células, enquanto a SF5 aumentou o metabolismo mitocondrial, em relação ao H2O2, e as três SFs sozinhas foram capazes de reduzir os níveis de EROs basal. A análise por espectrometria de massas das três SFs, revelou que a SF4 possui 19 proteínas, que a SF5 possui 27 proteínas e que a SFX possui apenas 4 proteínas, entre elas estão presentes citotoxinas, toxinas de três dedos e neurotoxinas. Assim, a ausência de respostas neuroprotetoras da FP-Nm em células PC12, pode ser devido às células serem indiferenciadas e apresentarem características de neurônios imaturos, enquanto as células mHippoE-18 são diferenciadas. Em síntese, os resultados sugerem que a FP-Nm pode ter mecanismos antioxidantes e a ação do proteassoma que explicariam seus efeitos em células mHippoE-18, bem como os compostos neuroprotetores presentes nas três SFs da FP-Nm identificadas até o momento.
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A identificação por compostos neuroprotetores vem se destacando como estratégias alternativas para o tratamento de doenças neurodegenerativas. Estudos tem demonstrado que a fração peptídica de baixa massa molecular (FP) ou peptídeos específicos do veneno da serpente Bothrops jararaca (família Viperidae) apresenta neuroproteção contra o estresse oxidativo em células primárias de hipocampo e neuronais do tipo PC12, indicando que mais serpentes e de diferentes famílias, pode ter na composição de sua FP compostos com propriedades neuroprotetoras. Assim, no presente estudo, buscou-se realizar a bioprospecção compostos neuroprotetores na FP do veneno da serpente, Naja mandalayensis (FP-Nm) da família Elapidae, em duas linhagens de células neuronais, PC12 indiferenciadas e mHippoE-18 diferenciadas, frente ao estresse oxidativo induzido pelo H2O2. No modelo de neuroproteção, células foram pré-tratadas por 4 h com a FP-Nm (10, 1 e 0,01 µg·mL-1), seguido da adição do H2O2 (0,5 mmol·L-1) por 20 h. A FP-Nm apresentou efeitos neuroprotetores apenas em células mHippoE-18. A concentração de 0,01 µg·mL-1 da FP-Nm foi capaz de aumentar a integridade celular e metabolismo mitocondrial em relação a células tratadas com o H2O2, bem como a FP-Nm sozinha diminuiu os níveis de EROs basal. A concentração de 0,001 µg·mL-1 da FP-Nm testada posteriormente neste modelo, também foi capaz aumentar a integridade das células em relação H2O2, assim como sozinha diminuir os níveis de EROs basal. A análise de label-free da FP-Nm sugeriu que a neuroproteção mediada aconteceu por meio da regulação translacional e da degradação de proteínas defeituosas por meio do complexo proteassoma. Além disso, a expressão proteica diferencial da FP-Nm alterou o metabolismo, a síntese proteica, a atividade sináptica e o transporte intracelular, sugerindo que a FP-Nm contém uma rica mistura de peptídeos bioativos de interesse farmacológicos. O subfracionamento da FP-Nm também foi realizado por cromatografia líquida de alta eficiência de fase reversa e foram obtidas 7 subfrações da FP-Nm (SFs). Estas SFs foram avaliadas frente ao estresse oxidativo, no modelo de neuroproteção, em células mHippoE-18. Ao avaliar os efeitos das SFs no modelo de neuroproteção, a SF4 e SFX foram capazes de aumentar a integridade das células, enquanto a SF5 aumentou o metabolismo mitocondrial, em relação ao H2O2, e as três SFs sozinhas foram capazes de reduzir os níveis de EROs basal. A análise por espectrometria de massas das três SFs, revelou que a SF4 possui 19 proteínas, que a SF5 possui 27 proteínas e que a SFX possui apenas 4 proteínas, entre elas estão presentes citotoxinas, toxinas de três dedos e neurotoxinas. Assim, a ausência de respostas neuroprotetoras da FP-Nm em células PC12, pode ser devido às células serem indiferenciadas e apresentarem características de neurônios imaturos, enquanto as células mHippoE-18 são diferenciadas. Em síntese, os resultados sugerem que a FP-Nm pode ter mecanismos antioxidantes e a ação do proteassoma que explicariam seus efeitos em células mHippoE-18, bem como os compostos neuroprotetores presentes nas três SFs da FP-Nm identificadas até o momento.
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THAYS ANTUNES
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O PAPEL DO SENSOR DE S-ADENOSILMETIONINA (SAMTOR) NO PERFIL MITOCONDRIAL DO EMBRIÃO BOVINO PRÉ-IMPLANTAÇÃO
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Orientador : MARCELLA PECORA MILAZZOTTO
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Data: 19/05/2025
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Durante o início do desenvolvimento embrionário ocorre um importante processo de remodelação dos padrões de metilação de DNA encontrados no genoma nuclear do embrião. Essa dinâmica de metilação também ocorre com o DNA mitocondrial (DNAmt), porém de forma distinta. Enquanto no DNA nuclear (DNAn) ocorre uma diminuição dos níveis globais de metilação até o estágio de mórula com posterior metilação de novo, no DNAmt há um aumento inicial nos níveis de metilação, para posterior desmetilação. A S-adenosilmetionina (SAM) desempenha um papel crucial nesses processos como principal doadora de grupos metil, sendo a DNMT1 a enzima responsável pela adição desses grupos ao DNA. Recentemente, o sensor de S-adenosilmetionina (SAMTOR) foi identificado como um regulador upstream do complexo 1 do alvo mecanicista da rapamicina (mTORC1), modulando o influxo de metionina, aminoácido precursor da SAM. Além disso, o mTORC1 também regula a expressão da enzima DNMT1. Com base nesses mecanismos, este estudo teve como hipótese que o silenciamento do SAMTOR aumenta os níveis de SAM, consequentemente impactando o perfil de reprogramação da metilação do DNAmt ao longo do desenvolvimento embrionário inicial. Para testar essa hipótese, embriões bovinos foram submetidos ao silenciamento do SAMTOR, através de RNA de interferência específico, e comparados a um grupo controle. Foi realizada a análise do metiloma do DNAmt (embriões dos dias 2 e 4 após a fertilização) e número de cópias de transcritos mitocôndrias (embriões do dia após 2 após fertilização). Ademais, foi realizada a análise do número de cópias do DNAmt e do potencial de membrana mitocondrial (MMP) (embriões dos dias 2, 4 e 7 após a fertilização) além das taxas de clivagem (dia 2) e blastocistos (dia 7). Os resultados mostraram que embriões com silenciamento do SAMTOR apresentaram maiores níveis médios de metilação do DNAmt no dia 2 tanto gerais quanto nos contextos CG, CHG e CHH, em ambas as fitas (heavy e light), padrão que se inverteu do dia 4 de desenvolvimento. Ainda, os genes ND5 e ND6 apresentaram maiores níveis de metilação e menores níveis de transcritos no dia 2 de desenvolvimento. Os embriões do grupo com silenciamento do SAMTOR também apresentaram aumento do número de cópias de DNAmt nos dias 2 e 4 de cultivo, acompanhado de menor MMP. Já no estágio de blastocisto, o número de cópias se equiparou, mas o MMP permaneceu menor nos embriões do grupo SAMTOR. Esses achados sugerem que o SAMTOR desempenha um papel regulador na reprogramação epigenética do DNAmt durante o desenvolvimento embrionário inicial, destacando sua relevância no controle dos processos de metilação.
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Durante o início do desenvolvimento embrionário ocorre um importante processo de remodelação dos padrões de metilação de DNA encontrados no genoma nuclear do embrião. Essa dinâmica de metilação também ocorre com o DNA mitocondrial (DNAmt), porém de forma distinta. Enquanto no DNA nuclear (DNAn) ocorre uma diminuição dos níveis globais de metilação até o estágio de mórula com posterior metilação de novo, no DNAmt há um aumento inicial nos níveis de metilação, para posterior desmetilação. A S-adenosilmetionina (SAM) desempenha um papel crucial nesses processos como principal doadora de grupos metil, sendo a DNMT1 a enzima responsável pela adição desses grupos ao DNA. Recentemente, o sensor de S-adenosilmetionina (SAMTOR) foi identificado como um regulador upstream do complexo 1 do alvo mecanicista da rapamicina (mTORC1), modulando o influxo de metionina, aminoácido precursor da SAM. Além disso, o mTORC1 também regula a expressão da enzima DNMT1. Com base nesses mecanismos, este estudo teve como hipótese que o silenciamento do SAMTOR aumenta os níveis de SAM, consequentemente impactando o perfil de reprogramação da metilação do DNAmt ao longo do desenvolvimento embrionário inicial. Para testar essa hipótese, embriões bovinos foram submetidos ao silenciamento do SAMTOR, através de RNA de interferência específico, e comparados a um grupo controle. Foi realizada a análise do metiloma do DNAmt (embriões dos dias 2 e 4 após a fertilização) e número de cópias de transcritos mitocôndrias (embriões do dia após 2 após fertilização). Ademais, foi realizada a análise do número de cópias do DNAmt e do potencial de membrana mitocondrial (MMP) (embriões dos dias 2, 4 e 7 após a fertilização) além das taxas de clivagem (dia 2) e blastocistos (dia 7). Os resultados mostraram que embriões com silenciamento do SAMTOR apresentaram maiores níveis médios de metilação do DNAmt no dia 2 tanto gerais quanto nos contextos CG, CHG e CHH, em ambas as fitas (heavy e light), padrão que se inverteu do dia 4 de desenvolvimento. Ainda, os genes ND5 e ND6 apresentaram maiores níveis de metilação e menores níveis de transcritos no dia 2 de desenvolvimento. Os embriões do grupo com silenciamento do SAMTOR também apresentaram aumento do número de cópias de DNAmt nos dias 2 e 4 de cultivo, acompanhado de menor MMP. Já no estágio de blastocisto, o número de cópias se equiparou, mas o MMP permaneceu menor nos embriões do grupo SAMTOR. Esses achados sugerem que o SAMTOR desempenha um papel regulador na reprogramação epigenética do DNAmt durante o desenvolvimento embrionário inicial, destacando sua relevância no controle dos processos de metilação.
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MAYHUMI DALIA GUTIERREZ CARAZAS
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CARACTERIZAÇÃO DE MICRORGANISMOS ISOLADOS DE SOLOS AGRÍCOLAS E INVESTIGAÇÃO DE SUAS AÇÕES DIRETAS E INDIRETAS NA PROMOÇÃO DE CRESCIMENTO DE PLANTAS
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Orientador : CELIO FERNANDO FIGUEIREDO ANGOLINI
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Data: 27/06/2025
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A incidência frequente de doenças e pragas de plantas vem causando estragos na agricultura(1), os fungos e as bactérias são os principais patógenos responsáveis por uma ampla gama de doenças em culturas agrícolas em todo o mundo, sendo os fungos as principais causas de doenças na agricultura(2). Causando grandes perdas de safra e produtividade de baixa qualidade com consequências econômicas, sociais e ambientais. Os gêneros de fungos Fusarium e Alternaria estão entre os primeiros patógenos de plantas conhecidos por infectar culturas consumidas mundialmente, como tomate, arroz, batata, feijão e outro(1). No presente trabalho, foi avaliada a capacidade de aquisição de nutrientes das bactérias (PGP), como a fixação de nitrogênio, a solubilização de Zn e a produção de sideróforos. Quinze cepas bacterianas pertencentes a diferentes gêneros foram estudadas, as cepas apresentaram bons resultados sendo que as melhores respostas foram: para a fixação de nitrogênio Streptomyces sp.CMAA 1403, Pseudomonas geniculata CMAA 1404, Achromobacter animicus CMAA 1405, Stenotrophomonas daejeonensis CMAA 1407, Streptomyces sp. CMAA 1408, Bacillus Subtilis (B.S) e Bacillus Velezensis (B.V.). Na produção de zinco a cepa Kitasatospora azatica CMAA 1406 tem a capacidade de solubilizar Zn insolúvel (ZnO) e a produção de sideróforos foram obtidas as cepas Pseudomonas protegens CMAA 1402, Pseudomonas geniculata CMAA 1404 e Bacillus Velezensis (B.V.) e para a avaliação da atividade enzimática (protease/quitinase): as respostas foram para protease 3 bacterias Paenibacillus jamilae (CMAA 1399), Bacillus Amyloliquefaciens, Bacillus Velezensis e para quitinases foram positivos Stenotrophomonas daejeonensis(CMAA 1407) e Bacillus Licheniformis. A atividade antifúngica da bactéria Streptomyces sp. (CBMAI2043) foi avaliada contra 12 fitopatógenos de plantas de culturas agrícolas, a bactéria apresentou a maior ação antagônica contra Fusarium Verticillioides, Fusarium Solani, Fusarium Graminearum, Sclerotinia Sclerotiorum, Botrytis Cinerea, Corynespora Cassiicola e Macrophomina Phaseolina e com apenas uma resposta negativa para Rhizoctonia Solani. Os resultados deste estudo mostram cepas que possuem várias qualidades tais como: controle biológico devido às suas características de atividade enzimática (protease/quitinase), sideróforos e além de suas características PGPB de imenso interesse, pois poderiam melhorar a disponibilidade de nutrientes auxiliando o crescimento das plantas e posteriormente, poderiam ser aplicadas no desenvolvimento de biofertilizantes.
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A incidência frequente de doenças e pragas de plantas vem causando estragos na agricultura(1), os fungos e as bactérias são os principais patógenos responsáveis por uma ampla gama de doenças em culturas agrícolas em todo o mundo, sendo os fungos as principais causas de doenças na agricultura(2). Causando grandes perdas de safra e produtividade de baixa qualidade com consequências econômicas, sociais e ambientais. Os gêneros de fungos Fusarium e Alternaria estão entre os primeiros patógenos de plantas conhecidos por infectar culturas consumidas mundialmente, como tomate, arroz, batata, feijão e outro(1). No presente trabalho, foi avaliada a capacidade de aquisição de nutrientes das bactérias (PGP), como a fixação de nitrogênio, a solubilização de Zn e a produção de sideróforos. Quinze cepas bacterianas pertencentes a diferentes gêneros foram estudadas, as cepas apresentaram bons resultados sendo que as melhores respostas foram: para a fixação de nitrogênio Streptomyces sp.CMAA 1403, Pseudomonas geniculata CMAA 1404, Achromobacter animicus CMAA 1405, Stenotrophomonas daejeonensis CMAA 1407, Streptomyces sp. CMAA 1408, Bacillus Subtilis (B.S) e Bacillus Velezensis (B.V.). Na produção de zinco a cepa Kitasatospora azatica CMAA 1406 tem a capacidade de solubilizar Zn insolúvel (ZnO) e a produção de sideróforos foram obtidas as cepas Pseudomonas protegens CMAA 1402, Pseudomonas geniculata CMAA 1404 e Bacillus Velezensis (B.V.) e para a avaliação da atividade enzimática (protease/quitinase): as respostas foram para protease 3 bacterias Paenibacillus jamilae (CMAA 1399), Bacillus Amyloliquefaciens, Bacillus Velezensis e para quitinases foram positivos Stenotrophomonas daejeonensis(CMAA 1407) e Bacillus Licheniformis. A atividade antifúngica da bactéria Streptomyces sp. (CBMAI2043) foi avaliada contra 12 fitopatógenos de plantas de culturas agrícolas, a bactéria apresentou a maior ação antagônica contra Fusarium Verticillioides, Fusarium Solani, Fusarium Graminearum, Sclerotinia Sclerotiorum, Botrytis Cinerea, Corynespora Cassiicola e Macrophomina Phaseolina e com apenas uma resposta negativa para Rhizoctonia Solani. Os resultados deste estudo mostram cepas que possuem várias qualidades tais como: controle biológico devido às suas características de atividade enzimática (protease/quitinase), sideróforos e além de suas características PGPB de imenso interesse, pois poderiam melhorar a disponibilidade de nutrientes auxiliando o crescimento das plantas e posteriormente, poderiam ser aplicadas no desenvolvimento de biofertilizantes.
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MIGUEL ANGEL LOZADA RUFINO
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PLATAFORMA SENSORA DE NANOMATERIAIS PARA DETECÇÃO DE VIRUS
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Orientador : ANA MELVA CHAMPI FARFAN
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Data: 21/08/2025
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O SARS-CoV-2, vírus responsável pela pandemia da COVID-19, evidenciou a necessidade de ferramentas rápidas, sensíveis e acessíveis para diagnóstico precoce. Nesse contexto, biossensores eletroquímicos surgem como alternativa promissora, especialmente quando baseados em derivados de garfeno. Este trabalho teve como objetivo desenvolver uma plataforma sensora baseada num biossensor eletroquímicos feitos de derivados de grafeno funcionalizados com cDNA para a detecção do SARS-COV-2., utilizando nanomateriais obtidos a partir do grafite natural, do qual foi obtido o óxido de grafeno (GO) pelo método de Hummers modificado, o qual após um processo de redução química foram obtidos os nanomateriais de óxidos de grafeno reduzido (rGO). A obtenção de rGO estável em meio aquoso, destaca-se pela elevada área superficial, boa condutividade elétrica e capacidade de funcionalização, o que favorece a imobilização de biomoléculas e, consequentemente, a sensibilidade do sensor. Desta forma, neste trabalho estudamos sistematicamente a obtenção de nanomateriais de rGO por redução química a partir do GO obtido do grafite natural, utilizando concentrações de hidrato de hidrazina (1.5 ml, 2.5 ml, 4.0 ml e 4.9 ml), como agente redutor e lisozima; estabilizante e funcionalizante parcial e facilitador da dispersão e biocompatibilidade do nanomaterial. A caracterização físico-química dos nanomateriais foi realizada por espectroscopia UV-Vis, confirmando o deslocamento do pico 227–230 nm, característico do GO após a redução; espectroscopia Raman, que evidenciou amostra com 4,9 ml HH apresenta uma relação I(D)*/I(G) de 0.61, indicando maior redução estrutural típica do rGO; e microscopia eletrônica de varredura (MEV), que revelou diferenças morfológicas entre as amostras 1.5 ml HH, 2.5 ml HH, 4.0 ml HH e 4.9 HH, sendo esta última mais homogênea e com menor aglomeração. Uma plataforma sensora foi fabricada como uma mini célula eletroquímica com três eletrodos: eletrodo de trabalho (ET), controle (EC) e referência (ER). O ET foi revestido com os nanomateriais de rGO e foi caraterizado eletroquimicamente por voltametria cíclica (CV) e espectroscopia de impedância eletroquímica (EIS). Esta plataforma sensora foi funcionalizada com c-DNA em diversas concentrações fixando numa concentração de 293.7ng/ul como concentração ótima. Testes de calibração foram realizadas utilizando RNA e amostras de Secreção orofaringe e nasofaringe em parceria com Instituto Adolfo Lutz (SP), os quais foram comparados com os resultados obtidos por RT-PCR. Os resultados demonstraram tem mostrado que nossa plataforma baseada em Ly-rGO-4.9 HH mostrou-se altamente promissor para aplicações portáteis de diagnóstico molecular da COVID-19, com grande potencial adaptabilidade para outras doenças infecciosas emergentes sejam virais ou bacterianas.
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O SARS-CoV-2, vírus responsável pela pandemia da COVID-19, evidenciou a necessidade de ferramentas rápidas, sensíveis e acessíveis para diagnóstico precoce. Nesse contexto, biossensores eletroquímicos surgem como alternativa promissora, especialmente quando baseados em derivados de garfeno. Este trabalho teve como objetivo desenvolver uma plataforma sensora baseada num biossensor eletroquímicos feitos de derivados de grafeno funcionalizados com cDNA para a detecção do SARS-COV-2., utilizando nanomateriais obtidos a partir do grafite natural, do qual foi obtido o óxido de grafeno (GO) pelo método de Hummers modificado, o qual após um processo de redução química foram obtidos os nanomateriais de óxidos de grafeno reduzido (rGO). A obtenção de rGO estável em meio aquoso, destaca-se pela elevada área superficial, boa condutividade elétrica e capacidade de funcionalização, o que favorece a imobilização de biomoléculas e, consequentemente, a sensibilidade do sensor. Desta forma, neste trabalho estudamos sistematicamente a obtenção de nanomateriais de rGO por redução química a partir do GO obtido do grafite natural, utilizando concentrações de hidrato de hidrazina (1.5 ml, 2.5 ml, 4.0 ml e 4.9 ml), como agente redutor e lisozima; estabilizante e funcionalizante parcial e facilitador da dispersão e biocompatibilidade do nanomaterial. A caracterização físico-química dos nanomateriais foi realizada por espectroscopia UV-Vis, confirmando o deslocamento do pico 227–230 nm, característico do GO após a redução; espectroscopia Raman, que evidenciou amostra com 4,9 ml HH apresenta uma relação I(D)*/I(G) de 0.61, indicando maior redução estrutural típica do rGO; e microscopia eletrônica de varredura (MEV), que revelou diferenças morfológicas entre as amostras 1.5 ml HH, 2.5 ml HH, 4.0 ml HH e 4.9 HH, sendo esta última mais homogênea e com menor aglomeração. Uma plataforma sensora foi fabricada como uma mini célula eletroquímica com três eletrodos: eletrodo de trabalho (ET), controle (EC) e referência (ER). O ET foi revestido com os nanomateriais de rGO e foi caraterizado eletroquimicamente por voltametria cíclica (CV) e espectroscopia de impedância eletroquímica (EIS). Esta plataforma sensora foi funcionalizada com c-DNA em diversas concentrações fixando numa concentração de 293.7ng/ul como concentração ótima. Testes de calibração foram realizadas utilizando RNA e amostras de Secreção orofaringe e nasofaringe em parceria com Instituto Adolfo Lutz (SP), os quais foram comparados com os resultados obtidos por RT-PCR. Os resultados demonstraram tem mostrado que nossa plataforma baseada em Ly-rGO-4.9 HH mostrou-se altamente promissor para aplicações portáteis de diagnóstico molecular da COVID-19, com grande potencial adaptabilidade para outras doenças infecciosas emergentes sejam virais ou bacterianas.
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PIETRA BRUNA BARBOSA BENTO
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Caracterização e nano-imobilização de uma nova esterase termofílica pertencente à família Thermotogaceae com potencial para aplicações biotecnológicas
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Orientador : WANIUS JOSE GARCIA DA SILVA
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Data: 22/08/2025
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Esterases são uma classe de enzimas que catalisam a hidrólise de ligações éster, amplamente utilizadas nas indústrias alimentícia, farmacêutica e de detergentes. Neste estudo, apresentamos o isolamento, a caracterização bioquímica e biofísica, e a nano-imobilização de uma nova esterase termofílica pertencente à família Thermotogaceae (denominada aqui de Tbe). Com base nessa abordagem, levantamos a hipótese de que a presença da enzima esterase durante o processo de síntese a partir de AgNO₃ permite a formação das nanopartículas e sua imobilização. A estrutura tridimensional da Tbe, modelada usando o programa AlphaFold, exibiu um enovelamento clássico tipo α/β-hidrolase formado por oito fitas de folha β no núcleo, com uma α-hélice internalizada e seis outras expostas ao solvente. A Tbe foi clonada, expressa em E. coli e purificada até quase a homogeneidade usando cromatografia de afinidade e cromatografia de exclusão por tamanho molecular. A estrutura secundária da Tbe recombinante foi analisada por espectroscopia de dicroísmo circular, revelando predominância de estrutura do tipo α-hélice como sugerido pela modelagem molecular. O valor da temperatura de transição (“melting”) determinada para Tbe em pH 8 foi de 78 ± 1°C, revelando o comportamento termofílico da enzima. Tbe foi capaz de hidrolisar p-nitrofenil acetato (pNPA), revelando uma atividade específica de 25,814,6 U/mg, confirmando sua atividade esterásica, e atingindo sua atividade ótima em pH 8,0 e 50 °C. Os parâmetros cinéticos determinados para a hidrólise de pNPA indicaram um Km de 1,66 µmol/min, kcat de 143,2 s⁻¹ e Vmax de 4,29 µmol/min. A análise por difração de raios X (DRX) revelou que as nanopartículas sintetizadas apresentam planos de difração característicos tanto do cloreto de prata (AgCl) quanto da prata metálica (Ag⁰), evidenciando a formação de uma estrutura composta do tipo Ag@AgCl. Com base nesse resultado, relatamos pela primeira vez a síntese fotoquímica bem-sucedida de nanopartículas estáveis e funcionais formadas a partir de solução de AgNO₃ e estabilizadas pela enzima Tbe (denominadas aqui de Tbe-Ag/AgCl NPs). As nanopartículas apresentaram diferentes morfologias, incluindo formas esféricas e cúbicas, com natureza cristalina e diâmetros heterogêneos variando de 20 a 200 nm. Nossas descobertas mostraram que a atividade esterásica da Tbe foi mantida nas Tbe-Ag/AgCl NPs. Finalmente, observamos um aumento significativo na termoestabilidade da Tbe quando associada às nanopartículas. As informações descritas aqui devem fornecer uma base útil para futuras pesquisas e aplicações biotecnológicas de esterases nano-imobilizadas.
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Esterases são uma classe de enzimas que catalisam a hidrólise de ligações éster, amplamente utilizadas nas indústrias alimentícia, farmacêutica e de detergentes. Neste estudo, apresentamos o isolamento, a caracterização bioquímica e biofísica, e a nano-imobilização de uma nova esterase termofílica pertencente à família Thermotogaceae (denominada aqui de Tbe). Com base nessa abordagem, levantamos a hipótese de que a presença da enzima esterase durante o processo de síntese a partir de AgNO₃ permite a formação das nanopartículas e sua imobilização. A estrutura tridimensional da Tbe, modelada usando o programa AlphaFold, exibiu um enovelamento clássico tipo α/β-hidrolase formado por oito fitas de folha β no núcleo, com uma α-hélice internalizada e seis outras expostas ao solvente. A Tbe foi clonada, expressa em E. coli e purificada até quase a homogeneidade usando cromatografia de afinidade e cromatografia de exclusão por tamanho molecular. A estrutura secundária da Tbe recombinante foi analisada por espectroscopia de dicroísmo circular, revelando predominância de estrutura do tipo α-hélice como sugerido pela modelagem molecular. O valor da temperatura de transição (“melting”) determinada para Tbe em pH 8 foi de 78 ± 1°C, revelando o comportamento termofílico da enzima. Tbe foi capaz de hidrolisar p-nitrofenil acetato (pNPA), revelando uma atividade específica de 25,814,6 U/mg, confirmando sua atividade esterásica, e atingindo sua atividade ótima em pH 8,0 e 50 °C. Os parâmetros cinéticos determinados para a hidrólise de pNPA indicaram um Km de 1,66 µmol/min, kcat de 143,2 s⁻¹ e Vmax de 4,29 µmol/min. A análise por difração de raios X (DRX) revelou que as nanopartículas sintetizadas apresentam planos de difração característicos tanto do cloreto de prata (AgCl) quanto da prata metálica (Ag⁰), evidenciando a formação de uma estrutura composta do tipo Ag@AgCl. Com base nesse resultado, relatamos pela primeira vez a síntese fotoquímica bem-sucedida de nanopartículas estáveis e funcionais formadas a partir de solução de AgNO₃ e estabilizadas pela enzima Tbe (denominadas aqui de Tbe-Ag/AgCl NPs). As nanopartículas apresentaram diferentes morfologias, incluindo formas esféricas e cúbicas, com natureza cristalina e diâmetros heterogêneos variando de 20 a 200 nm. Nossas descobertas mostraram que a atividade esterásica da Tbe foi mantida nas Tbe-Ag/AgCl NPs. Finalmente, observamos um aumento significativo na termoestabilidade da Tbe quando associada às nanopartículas. As informações descritas aqui devem fornecer uma base útil para futuras pesquisas e aplicações biotecnológicas de esterases nano-imobilizadas.
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FERNANDA DE OLIVEIRA MENEZES
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IMPACTO DA EDIÇÃO DO GENE COMT POR CRISPR/CAS9 NA RECALCITRÂNCIA DA BIOMASSA E NA PAREDE CELULAR DE SETARIA VIRIDIS
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Orientador : WAGNER RODRIGO DE SOUZA
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Data: 15/01/2025
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CONA degradação do material lignocelulósico é dificultada por sua estrutura complexa, especialmente pela rede de ligações cruzadas nas paredes celulares, que impede o acesso enzimático à celulose. Essa barreira estrutural exige tratamentos enzimáticos e termoquímicos dispendiosos para decompor a biomassa em subunidades menores. A recalcitrância da biomassa é, em grande parte, determinada pela composição da parede celular, e a modificação genética dessa estrutura surge como uma ferramenta eficaz para reduzir essa resistência e tornar viáveis os processos de produção de biocombustíveis.
Este trabalho teve como objetivo investigar a digestibilidade da biomassa e a composição da parede celular em plantas de Setaria viridis, focando no knockout do gene Ácido caféico O-metiltransferase (COMT), envolvido na biossíntese de lignina, por meio da tecnologia CRISPR/Cas9. Esse trabalho baseou-se na hipótese de que o knockout do gene COMT resultaria em uma diminuição do conteúdo de lignina na parede celular, levando a uma redução na recalcitrância da biomassa e a uma melhora na eficiência de sacarificação devido ao aumento da acessibilidade enzimática.
Apresentamos aqui a estratégia utilizada, que possibilitou a obtenção de plantas T2 homozigotas com o knockout no gene COMT usando a tecnologia CRISPR/Cas9. Embora nenhum fenótipo visível tenha sido observado, foi detectada uma redução no conteúdo de lignina total e alterações em sua composição, juntamente com uma eficiência aprimorada na sacarificação da biomassa. Esses resultados confirmam o potencial do knockout do gene COMT para otimizar a produção de biocombustíveis, reduzindo o teor de lignina e melhorando a sacarificação da biomassa.
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CONA degradação do material lignocelulósico é dificultada por sua estrutura complexa, especialmente pela rede de ligações cruzadas nas paredes celulares, que impede o acesso enzimático à celulose. Essa barreira estrutural exige tratamentos enzimáticos e termoquímicos dispendiosos para decompor a biomassa em subunidades menores. A recalcitrância da biomassa é, em grande parte, determinada pela composição da parede celular, e a modificação genética dessa estrutura surge como uma ferramenta eficaz para reduzir essa resistência e tornar viáveis os processos de produção de biocombustíveis.
Este trabalho teve como objetivo investigar a digestibilidade da biomassa e a composição da parede celular em plantas de Setaria viridis, focando no knockout do gene Ácido caféico O-metiltransferase (COMT), envolvido na biossíntese de lignina, por meio da tecnologia CRISPR/Cas9. Esse trabalho baseou-se na hipótese de que o knockout do gene COMT resultaria em uma diminuição do conteúdo de lignina na parede celular, levando a uma redução na recalcitrância da biomassa e a uma melhora na eficiência de sacarificação devido ao aumento da acessibilidade enzimática.
Apresentamos aqui a estratégia utilizada, que possibilitou a obtenção de plantas T2 homozigotas com o knockout no gene COMT usando a tecnologia CRISPR/Cas9. Embora nenhum fenótipo visível tenha sido observado, foi detectada uma redução no conteúdo de lignina total e alterações em sua composição, juntamente com uma eficiência aprimorada na sacarificação da biomassa. Esses resultados confirmam o potencial do knockout do gene COMT para otimizar a produção de biocombustíveis, reduzindo o teor de lignina e melhorando a sacarificação da biomassa.
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ISAC JOSÉ DA SILVA FILHO
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AVALIAÇÃO DE Chlamydomonas reinhardtii COMO PLATAFORMA DE PRODUÇÃO DO MEDICAMENTO BIOLÓGICO ADALIMUMABE
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Orientador : LIVIA SENO FERREIRA CAMARGO
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Data: 20/01/2025
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As microalgas são um grupo diversificado de microrganismos fotossintéticos, encontrados em diversos habitats ao redor do mundo, desempenhando um papel fundamental no meio ambiente. Elas são capazes de sintetizar proteínas, carboidratos, lipídios e outros compostos essenciais para sua homeostase e para o ecossistema. Devido a esses metabólitos, as microalgas despertaram interesse comercial a partir do século XX, com aplicações que cresceram ao longo do tempo, incluindo o uso de engenharia genética para a produção de proteínas recombinantes. Dentre as microalgas mais utilizadas, Chlamydomonas reinhardtii, uma microalga verde unicelular, se destaca como modelo devido ao seu extenso histórico de pesquisa. A produção de proteínas recombinantes em microalgas oferece uma alternativa sustentável e econômica para a obtenção de proteínas terapêuticas de interesse humano. O objetivo deste trabalho foi expressar o anticorpo monoclonal Adalimumabe (mAb), uma proteína terapêutica utilizada no tratamento de doenças autoimunes, nos genomas do cloroplasto e do núcleo da C. reinhardtii. Foram usadas ferramentas de engenharia genética nas cepas CC-125, CC-400, CC-503 da C. reinhardtii. Vetores foram construídos para os genomas do cloroplasto (IJ1) e do núcleo (IJ2 e IJ3), e técnicas de transformação genética como eletroporação e pérolas de vidro foram utilizadas para inserir o gene de interesse na C. reinhardtii. A confirmação do gene de interesse foi feita por PCR convencional e/ou análise em leitor de microplacas. Ensaios de SDS-Page, Western Blotting (WB) e purificação com resina anti-FLAG foram empregados. Colônias transformadas estáveis foram obtidas em meio seletivo com antibiótico para as três construções de vetores, utilizando a técnica de transformação por pérolas de vidro. Contudo, a proteína recombinante foi detectada apenas para as colônias transformadas no genoma do cloroplasto (IJ1) usando a cepa CC-503. A detecção dessa proteína ocorreu acima do peso molecular esperado, possivelmente devido à agregação proteica, resultante da ausência de glicosilação nas proteínas produzidas no cloroplasto. Colônias transformadas com os plasmídeos IJ2 e IJ3 usando a cepa CC-400 também foram analisadas. A proteína repórter fluorescente foi observada nas colônias transformadas com IJ2, mas a proteína alvo não foi detectada no SDS-Page e WB. Apenas uma colônia transformada com IJ3 apresentou o gene positivo para a proteína alvo, mas a proteína não foi identificada nas análises, sugerindo um possível falso positivo ou silenciamento do gene. Conclui-se que, na transformação nuclear C. reinhardtii, apesar da detecção da proteína repórter mCherry com o plasmídeo IJ2, a expressão da proteína Adalimumabe foi comprometida por rearranjos genômicos e silenciamento pós-transcrição. Além disso, a ocorrência de possíveis falsos positivos nos ensaios de PCR, como observado com o plasmídeo IJ3, destaca as limitações dos métodos utilizados e a necessidade de vetores e promotores mais otimizados. Na transformação do cloroplasto, embora o gene tenha sido incorporado com sucesso, a ausência de glicosilação levou à agregação proteica. Estratégias alternativas, como a expressão separada das cadeias leve e pesada do anticorpo, podem ser eficazes para contornar esses problemas. Apesar das limitações, o estudo confirma o potencial de Chlamydomonas reinhardtii como uma biofábrica promissora para a produção de proteínas terapêuticas.
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As microalgas são um grupo diversificado de microrganismos fotossintéticos, encontrados em diversos habitats ao redor do mundo, desempenhando um papel fundamental no meio ambiente. Elas são capazes de sintetizar proteínas, carboidratos, lipídios e outros compostos essenciais para sua homeostase e para o ecossistema. Devido a esses metabólitos, as microalgas despertaram interesse comercial a partir do século XX, com aplicações que cresceram ao longo do tempo, incluindo o uso de engenharia genética para a produção de proteínas recombinantes. Dentre as microalgas mais utilizadas, Chlamydomonas reinhardtii, uma microalga verde unicelular, se destaca como modelo devido ao seu extenso histórico de pesquisa. A produção de proteínas recombinantes em microalgas oferece uma alternativa sustentável e econômica para a obtenção de proteínas terapêuticas de interesse humano. O objetivo deste trabalho foi expressar o anticorpo monoclonal Adalimumabe (mAb), uma proteína terapêutica utilizada no tratamento de doenças autoimunes, nos genomas do cloroplasto e do núcleo da C. reinhardtii. Foram usadas ferramentas de engenharia genética nas cepas CC-125, CC-400, CC-503 da C. reinhardtii. Vetores foram construídos para os genomas do cloroplasto (IJ1) e do núcleo (IJ2 e IJ3), e técnicas de transformação genética como eletroporação e pérolas de vidro foram utilizadas para inserir o gene de interesse na C. reinhardtii. A confirmação do gene de interesse foi feita por PCR convencional e/ou análise em leitor de microplacas. Ensaios de SDS-Page, Western Blotting (WB) e purificação com resina anti-FLAG foram empregados. Colônias transformadas estáveis foram obtidas em meio seletivo com antibiótico para as três construções de vetores, utilizando a técnica de transformação por pérolas de vidro. Contudo, a proteína recombinante foi detectada apenas para as colônias transformadas no genoma do cloroplasto (IJ1) usando a cepa CC-503. A detecção dessa proteína ocorreu acima do peso molecular esperado, possivelmente devido à agregação proteica, resultante da ausência de glicosilação nas proteínas produzidas no cloroplasto. Colônias transformadas com os plasmídeos IJ2 e IJ3 usando a cepa CC-400 também foram analisadas. A proteína repórter fluorescente foi observada nas colônias transformadas com IJ2, mas a proteína alvo não foi detectada no SDS-Page e WB. Apenas uma colônia transformada com IJ3 apresentou o gene positivo para a proteína alvo, mas a proteína não foi identificada nas análises, sugerindo um possível falso positivo ou silenciamento do gene. Conclui-se que, na transformação nuclear C. reinhardtii, apesar da detecção da proteína repórter mCherry com o plasmídeo IJ2, a expressão da proteína Adalimumabe foi comprometida por rearranjos genômicos e silenciamento pós-transcrição. Além disso, a ocorrência de possíveis falsos positivos nos ensaios de PCR, como observado com o plasmídeo IJ3, destaca as limitações dos métodos utilizados e a necessidade de vetores e promotores mais otimizados. Na transformação do cloroplasto, embora o gene tenha sido incorporado com sucesso, a ausência de glicosilação levou à agregação proteica. Estratégias alternativas, como a expressão separada das cadeias leve e pesada do anticorpo, podem ser eficazes para contornar esses problemas. Apesar das limitações, o estudo confirma o potencial de Chlamydomonas reinhardtii como uma biofábrica promissora para a produção de proteínas terapêuticas.
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FERNANDO AUGUSTO DE OLIVEIRA
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Engenharia Molecular de Policátions para utilização em Terapias Genéticas
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Orientador : FERNANDO CARLOS GIACOMELLI
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Data: 24/02/2025
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Derivados de polietilenimina (PEI) e de diferentes polímeros naturais foram avaliados como novos vetores para entrega de genes, visando um equilíbrio entre a transfecção gênica e a citotoxicidade. Nas investigações foram utilizadas as linhagens celulares de epitélio pigmentar da retina (ARPE-19), carcinoma hepatocelular humano (HepG2) e HeLa. A presença de domínios alquílicos curtos (C4-C6) e, particularmente, a presença de ácido succínico conjugado às cadeias de PEI melhoraram o desempenho biológico dos vetores propostos. A presença de unidades hidrofóbicas possivelmente aumenta a atividade lítica, enquanto a incorporação de ácido succínico reduz ligeiramente a força de interação entre o polímero e o DNA, facilitando o desempacotamento no meio intracelular. A presença de ácido succínico também deve aumentar a força de repulsão proteica dos coacervados. No entanto, a presença de cadeias de carbono longas (por exemplo, C12) resulta em níveis mais altos de citotoxicidade e menores taxas de transfecção. Os complexos poliméricos decorados com açúcares são, no geral, menos citotóxicos, no entanto, a presença de unidades de lactose leva a complexos maiores e a uma ligação polímero-DNA fraca, comprometendo a eficiência da transfecção. Com relação ao uso de derivados de polímeros naturais, as investigações demonstraram que o polissacarídeo desempenha um papel relevante na mitigação da citotoxicidade, efeito que é significativamente amplificado pela enxertia de polioxazolinas. No entanto, foi evidenciado que os complexos eletrostáticos são ineficazes na mediação da transfecção gênica. Todavia, a incorporação de uma pequena quantidade de PEI nas amostras finais resultou em níveis de transfecção muito superiores aos do próprio PEI na mesma concentração. Estes dados ressaltam que vetores gênicos construídos pela mistura de polímeros naturais e PEI podem aumentar significativamente o desempenho de vetores poliméricos para entrega de genes.
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Derivados de polietilenimina (PEI) e de diferentes polímeros naturais foram avaliados como novos vetores para entrega de genes, visando um equilíbrio entre a transfecção gênica e a citotoxicidade. Nas investigações foram utilizadas as linhagens celulares de epitélio pigmentar da retina (ARPE-19), carcinoma hepatocelular humano (HepG2) e HeLa. A presença de domínios alquílicos curtos (C4-C6) e, particularmente, a presença de ácido succínico conjugado às cadeias de PEI melhoraram o desempenho biológico dos vetores propostos. A presença de unidades hidrofóbicas possivelmente aumenta a atividade lítica, enquanto a incorporação de ácido succínico reduz ligeiramente a força de interação entre o polímero e o DNA, facilitando o desempacotamento no meio intracelular. A presença de ácido succínico também deve aumentar a força de repulsão proteica dos coacervados. No entanto, a presença de cadeias de carbono longas (por exemplo, C12) resulta em níveis mais altos de citotoxicidade e menores taxas de transfecção. Os complexos poliméricos decorados com açúcares são, no geral, menos citotóxicos, no entanto, a presença de unidades de lactose leva a complexos maiores e a uma ligação polímero-DNA fraca, comprometendo a eficiência da transfecção. Com relação ao uso de derivados de polímeros naturais, as investigações demonstraram que o polissacarídeo desempenha um papel relevante na mitigação da citotoxicidade, efeito que é significativamente amplificado pela enxertia de polioxazolinas. No entanto, foi evidenciado que os complexos eletrostáticos são ineficazes na mediação da transfecção gênica. Todavia, a incorporação de uma pequena quantidade de PEI nas amostras finais resultou em níveis de transfecção muito superiores aos do próprio PEI na mesma concentração. Estes dados ressaltam que vetores gênicos construídos pela mistura de polímeros naturais e PEI podem aumentar significativamente o desempenho de vetores poliméricos para entrega de genes.
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SAMUEL PERES CHAGAS
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SUPEREXPRESSÃO DE GENES ENVOLVIDOS NA BIOSSÍNTESE DE ÁCIDO ROSMARÍNICO EM SETARIA VIRIDIS PARA REDUÇÃO DA RECALCITRÂNCIA DA BIOMASSA LIGNOCELULÓSICA
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Orientador : WAGNER RODRIGO DE SOUZA
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Data: 18/03/2025
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A crescente demanda energética e o compromisso com a redução das emissões de poluentes atmosféricos faz com que novas alternativas sejam estudadas para suprir as necessidades energéticas da nossa sociedade atual. Nesse cenário, o etanol de segunda geração (E2G) surge como uma alternativa renovável e de baixo impacto ambiental, principalmente por ter como principal matéria prima a biomassa lignocelulósica, que é bastante abundante sob a forma de resíduos agroindustriais. Porém, a produção de etanol 2G encontra alguns gargalos, principalmente voltados ao custo de produção, que precisa de duas etapas adicionais se comparado ao etanol 1G: pré-tratamento da biomassa e hidrólise enzimática. Isto tem reflexos no custo do produto final, que ainda precisa de desenvolvimentos para se tornar competitivo e mais atrativo ao mercado. Neste aspecto, surgem alternativas para a redução dos custos, e uma delas é a modificação genética da biomassa lignocelulósica, mais precisamente da lignina, presente na parede celular das plantas, a fim de tornar a biomassa mais suscetível aos pré-tratamentos e reduzir o custo do processo. Uma alternativa é a modificação da composição monomérica da lignina, através da incorporação de compostos como o ácido rosmarínico (AR), que pode atuar como um monômero mais solúvel, tornando o processo de pré-tratamento mais eficiente. Sendo assim, este trabalho se propõe a estudar a superexpressão dos genes tirosina aminotransferase de Salvia miltiorrhiza (SmTAT) e hidroxifenilpiruvato redutase de Setaria viridis (SvHPPR), envolvidos na biossíntese de AR, na planta modelo Setaria viridis, com a hipótese de aumento da digestibilidade da biomassa e redução da recalcitrância. A caracterização da biomassa das plantas transgênicas indicou maior eficiência de sacarificação, chegando a valores até 70% superiores se comparados às plantas selvagens em linhagens com maior presença de AR, além de quantidades de lignina alteradas, assim como sua composição. Tais fatores reforçam a hipótese de que alterações no metabolismo fenólico de gramíneas podem contribuir para o desenvolvimento de cultivares mais suscetíveis a pré-tratamentos, para melhorar a eficiência da produção do etanol 2G.
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A crescente demanda energética e o compromisso com a redução das emissões de poluentes atmosféricos faz com que novas alternativas sejam estudadas para suprir as necessidades energéticas da nossa sociedade atual. Nesse cenário, o etanol de segunda geração (E2G) surge como uma alternativa renovável e de baixo impacto ambiental, principalmente por ter como principal matéria prima a biomassa lignocelulósica, que é bastante abundante sob a forma de resíduos agroindustriais. Porém, a produção de etanol 2G encontra alguns gargalos, principalmente voltados ao custo de produção, que precisa de duas etapas adicionais se comparado ao etanol 1G: pré-tratamento da biomassa e hidrólise enzimática. Isto tem reflexos no custo do produto final, que ainda precisa de desenvolvimentos para se tornar competitivo e mais atrativo ao mercado. Neste aspecto, surgem alternativas para a redução dos custos, e uma delas é a modificação genética da biomassa lignocelulósica, mais precisamente da lignina, presente na parede celular das plantas, a fim de tornar a biomassa mais suscetível aos pré-tratamentos e reduzir o custo do processo. Uma alternativa é a modificação da composição monomérica da lignina, através da incorporação de compostos como o ácido rosmarínico (AR), que pode atuar como um monômero mais solúvel, tornando o processo de pré-tratamento mais eficiente. Sendo assim, este trabalho se propõe a estudar a superexpressão dos genes tirosina aminotransferase de Salvia miltiorrhiza (SmTAT) e hidroxifenilpiruvato redutase de Setaria viridis (SvHPPR), envolvidos na biossíntese de AR, na planta modelo Setaria viridis, com a hipótese de aumento da digestibilidade da biomassa e redução da recalcitrância. A caracterização da biomassa das plantas transgênicas indicou maior eficiência de sacarificação, chegando a valores até 70% superiores se comparados às plantas selvagens em linhagens com maior presença de AR, além de quantidades de lignina alteradas, assim como sua composição. Tais fatores reforçam a hipótese de que alterações no metabolismo fenólico de gramíneas podem contribuir para o desenvolvimento de cultivares mais suscetíveis a pré-tratamentos, para melhorar a eficiência da produção do etanol 2G.
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CAIO ALEXANDRE DE FREITAS SCHATZER
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Derramamento de petróleo na costa brasileira em 2019: uma abordagem multidisciplinar sobre os impactos moleculares, enzimáticos, ontogênicos e celulares em modelos biológicos
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Orientador : ELIZABETH TEODOROV
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Data: 02/06/2025
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Em agosto de 2019, a costa brasileira enfrentou um dos maiores acidentes de derramamento de petróleo do mundo, afetando cerca de 3000 km de litoral rico em biodiversidade e habitats costeiros diversos. Esse evento teve impactos ambientais e socioeconômicos severos, incluindo a contaminação da fauna, o comprometimento da pesca local e a exposição direta de comunidades costeiras ao petróleo. O petróleo derramado formou sólidos que afundaram na coluna d’água, protegendo esses compostos de agentes naturais de degradação, como luz solar e vento e formando a Fração Acomodada em Água (WAF, Water Accommodated Fraction). Tendo em vista os prejuízos ambientes e na saúde única, este trabalho teve como objetivo obter a composição de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) da WAF obtida da amostra de solo-petróleo derramado na praia de Penedo (Alagoas, Brasil), bem como compreender as alterações causadas pela exposição à WAF em modelos representativos dos organismos expostos. Os resultados revelaram que a composição química da WAF em diferentes meios (água marinha artificial, meio E3, usado para manutenção e desenvolvimento de larvas de zebrafish e água destilada), identificou 15 dos 16 HPAs considerados como contaminantes prioritários pela Agência de Proteção Ambiental Americana sendo os antracenos e fenantrenos as frações mais concentradas. Para avaliar os impactos dessa exposição, foram utilizados modelos biológicos representativos das espécies afetadas pelo derrame. Duas espécies do gênero Artemia foram expostas à WAF em concentrações de 100%, 4% e 0,16% para avaliar alterações bioquímicas e expressão de Heat-Shock Proteins (Hsps), bem como parâmetros de desenvolvimento ontológico do animal. Por outro lado, Danio rerio foi utilizado para investigar alterações na atividade enzimática e expressão gênica em embriões, além de avaliação ontogênica e expostos a concentrações de 100%, 50%, 25%, 12,5% e 6.25%. A WAF não foi capaz de induzir mortalidade ou alteração de eclosão significativa em Artemia spp. em qualquer concentração, enquanto D. rerio apresentou mortalidade significativa apenas a partir de 96 horas pós exposição nas concentrações 50% e 100%, com alterações no comprimento do corpo, saco vitelínico e edemas pericárdicos. Em ambos os modelos biológicos, observou-se alteração significativa nas atividades das enzimas catalase (CAT), sendo aumentada em Artemia parthenogenetica e diminuída em D. rerio, aumento de glutationa-S-transferases (GSTs) e glutationa peroxidases (GPx) para ambos os modelos, enquantoa atividade colinesterásica aumentou em A. parthenogenetica e reduziu em D. rerio. A expressão gênica de Cyp1A e Ahr1, relacionados ao metabolismo de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs), revelou aumentos na expressão de Ahr1, enquanto Cyp1A não apresentou diferenças entre os grupos quando avaliados em D. rerio. A expressão de genes Dnmt2, P26, Hsp26, Hsp40, Hsp70 e Hsp90 em A. franciscana indicou alterações significativas de todos os genes avaliados. Em modelos celulares humanos, hepatócitos HEPG2 e fibroblastos FGH foram utilizados para avaliar os efeitos citotóxicos da WAF por meio do ensaio de MTT, que revelou diminuição na viabilidade celular em ambas as linhagens expostas a WAF em concentrações de 100%, 50%, 25%, 12,5% e 6,25%. Além disso, microrganismos representativos da microbiota humana e de importância médica em termos de saúde pública, como Serratia marcescens, Staphylococcus epidermidis e Candida tropicalis, foram expostos à WAF em concentrações de 100%, 4% e 0,16%, com aumento significativo do crescimento observado em S. marcescens e nenhuma alteração nos demais microrganismos. Conclui-se que os fragmentos sólidos contendo petróleo são fontes contínuas de HPAs no ambiente, com potencial para comprometer a saúde da fauna aquática e humana expostas, ressaltando a necessidade de novas estratégias de monitoramento contínuo e mitigação para proteger os ecossistemas costeiros e a saúde única.
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Em agosto de 2019, a costa brasileira enfrentou um dos maiores acidentes de derramamento de petróleo do mundo, afetando cerca de 3000 km de litoral rico em biodiversidade e habitats costeiros diversos. Esse evento teve impactos ambientais e socioeconômicos severos, incluindo a contaminação da fauna, o comprometimento da pesca local e a exposição direta de comunidades costeiras ao petróleo. O petróleo derramado formou sólidos que afundaram na coluna d’água, protegendo esses compostos de agentes naturais de degradação, como luz solar e vento e formando a Fração Acomodada em Água (WAF, Water Accommodated Fraction). Tendo em vista os prejuízos ambientes e na saúde única, este trabalho teve como objetivo obter a composição de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) da WAF obtida da amostra de solo-petróleo derramado na praia de Penedo (Alagoas, Brasil), bem como compreender as alterações causadas pela exposição à WAF em modelos representativos dos organismos expostos. Os resultados revelaram que a composição química da WAF em diferentes meios (água marinha artificial, meio E3, usado para manutenção e desenvolvimento de larvas de zebrafish e água destilada), identificou 15 dos 16 HPAs considerados como contaminantes prioritários pela Agência de Proteção Ambiental Americana sendo os antracenos e fenantrenos as frações mais concentradas. Para avaliar os impactos dessa exposição, foram utilizados modelos biológicos representativos das espécies afetadas pelo derrame. Duas espécies do gênero Artemia foram expostas à WAF em concentrações de 100%, 4% e 0,16% para avaliar alterações bioquímicas e expressão de Heat-Shock Proteins (Hsps), bem como parâmetros de desenvolvimento ontológico do animal. Por outro lado, Danio rerio foi utilizado para investigar alterações na atividade enzimática e expressão gênica em embriões, além de avaliação ontogênica e expostos a concentrações de 100%, 50%, 25%, 12,5% e 6.25%. A WAF não foi capaz de induzir mortalidade ou alteração de eclosão significativa em Artemia spp. em qualquer concentração, enquanto D. rerio apresentou mortalidade significativa apenas a partir de 96 horas pós exposição nas concentrações 50% e 100%, com alterações no comprimento do corpo, saco vitelínico e edemas pericárdicos. Em ambos os modelos biológicos, observou-se alteração significativa nas atividades das enzimas catalase (CAT), sendo aumentada em Artemia parthenogenetica e diminuída em D. rerio, aumento de glutationa-S-transferases (GSTs) e glutationa peroxidases (GPx) para ambos os modelos, enquantoa atividade colinesterásica aumentou em A. parthenogenetica e reduziu em D. rerio. A expressão gênica de Cyp1A e Ahr1, relacionados ao metabolismo de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs), revelou aumentos na expressão de Ahr1, enquanto Cyp1A não apresentou diferenças entre os grupos quando avaliados em D. rerio. A expressão de genes Dnmt2, P26, Hsp26, Hsp40, Hsp70 e Hsp90 em A. franciscana indicou alterações significativas de todos os genes avaliados. Em modelos celulares humanos, hepatócitos HEPG2 e fibroblastos FGH foram utilizados para avaliar os efeitos citotóxicos da WAF por meio do ensaio de MTT, que revelou diminuição na viabilidade celular em ambas as linhagens expostas a WAF em concentrações de 100%, 50%, 25%, 12,5% e 6,25%. Além disso, microrganismos representativos da microbiota humana e de importância médica em termos de saúde pública, como Serratia marcescens, Staphylococcus epidermidis e Candida tropicalis, foram expostos à WAF em concentrações de 100%, 4% e 0,16%, com aumento significativo do crescimento observado em S. marcescens e nenhuma alteração nos demais microrganismos. Conclui-se que os fragmentos sólidos contendo petróleo são fontes contínuas de HPAs no ambiente, com potencial para comprometer a saúde da fauna aquática e humana expostas, ressaltando a necessidade de novas estratégias de monitoramento contínuo e mitigação para proteger os ecossistemas costeiros e a saúde única.
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HERMANN WINDISCH NETO
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Projeto e simulação de biorreator de perfusão com fotobiomodulação para cultura de cartilagem
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Orientador : PATRICIA APARECIDA DA ANA
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Data: 03/06/2025
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A osteoartrite é uma doença de etiologia multifatorial e que, pela redução da mobilidade e dor, diminui gradativamente a qualidade de vida dos pacientes, além de ser um assunto de saúde pública com uma incidência crescente nos últimos anos. O tratamento conservador pode impedir o avanço da doença nos estágios iniciais, porém, quando se estabelece um ciclo inflamatório com erosão profunda da cartilagem articular e formação de osteófitos, preconiza-se uma abordagem cirúrgica. Dentro das técnicas atuais, o implante de cartilagem no local danificado pode promover uma solução de longo prazo preservando a articulação do paciente. O projeto de um biorreator para cultura de tecidos de modo a possibilitar uma otimização das condições de cultura de condrócitos é o objetivo deste trabalho. A proposta de utilizar um reator de perfusão com fotobiomodulação é o ponto inovador, reunindo o controle do microambiente da perfusão com a estimulação fotônica. A modelagem do arcabouço mostrou que uma estrutura biomimética (gerada randomicamente) não permite um fluxo homogêneo pelo arcabouço, levando à escolha de geometrias regulares onde o perfil de velocidades do meio de cultura pode ser homogeneamente controlado. Sobre o material do arcabouço, foi proposto o PLA (poliácido lático) transparente. Esta variante do PLA possibilitará usar o arcabouço como um guia de luz, maximizando a distribuição da radiação luminosa de modo mais eficaz através do arcabouço. As fontes de luz estudadas estão no comprimento de onda do vermelho (660 nm); porém, a utilização de outros comprimentos de onda pode ser facilmente efetuada. Por fim, o projeto do reator foi focado para ser fabricado com baixo custo, fácil implementação de sensores com programação baseada na plataforma Arduino, possibilitando adicionar outros tipos de estimulação (por exemplo: mecânica) e controles adicionais.
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A osteoartrite é uma doença de etiologia multifatorial e que, pela redução da mobilidade e dor, diminui gradativamente a qualidade de vida dos pacientes, além de ser um assunto de saúde pública com uma incidência crescente nos últimos anos. O tratamento conservador pode impedir o avanço da doença nos estágios iniciais, porém, quando se estabelece um ciclo inflamatório com erosão profunda da cartilagem articular e formação de osteófitos, preconiza-se uma abordagem cirúrgica. Dentro das técnicas atuais, o implante de cartilagem no local danificado pode promover uma solução de longo prazo preservando a articulação do paciente. O projeto de um biorreator para cultura de tecidos de modo a possibilitar uma otimização das condições de cultura de condrócitos é o objetivo deste trabalho. A proposta de utilizar um reator de perfusão com fotobiomodulação é o ponto inovador, reunindo o controle do microambiente da perfusão com a estimulação fotônica. A modelagem do arcabouço mostrou que uma estrutura biomimética (gerada randomicamente) não permite um fluxo homogêneo pelo arcabouço, levando à escolha de geometrias regulares onde o perfil de velocidades do meio de cultura pode ser homogeneamente controlado. Sobre o material do arcabouço, foi proposto o PLA (poliácido lático) transparente. Esta variante do PLA possibilitará usar o arcabouço como um guia de luz, maximizando a distribuição da radiação luminosa de modo mais eficaz através do arcabouço. As fontes de luz estudadas estão no comprimento de onda do vermelho (660 nm); porém, a utilização de outros comprimentos de onda pode ser facilmente efetuada. Por fim, o projeto do reator foi focado para ser fabricado com baixo custo, fácil implementação de sensores com programação baseada na plataforma Arduino, possibilitando adicionar outros tipos de estimulação (por exemplo: mecânica) e controles adicionais.
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VICTORIA ALVES MOREIRA
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O papel da fumarase na gramínea C4 Setaria viridis
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Orientador : DANILO DA CRUZ CENTENO
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Data: 05/06/2025
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A enzima fumarase desempenha um papel central no ciclo do ácido tricarboxílico (TCA), catalisando a hidratação reversível do ácido fumárico em ácido málico, atuando como uma das principais reguladoras desse processo. Em plantas C₃, estudos indicam que a redução na expressão da fumarase pode afetar não apenas a respiração celular, mas também outras vias metabólicas, como a fotossíntese e o acúmulo de carbono. Essa relação é ainda mais relevante em plantas C₄, nas quais o malato funciona como substrato tanto para a fotossíntese quanto para a respiração mitocondrial. Setaria viridis destaca-se como modelo para estudos em sistemas C₄ devido a características como porte reduzido, genoma compacto, ciclo de vida curto e proximidade filogenética com culturas bioenergéticas, como cana-de-açúcar e milho. Para investigar o impacto da fumarase no crescimento e acúmulo de biomassa, plantas de S. viridis com expressão reduzida dessa enzima — previamente geradas pelo grupo de pesquisa — foram analisadas em diferentes estágios de desenvolvimento. Os eventos transgênicos 1, 2 e 3 foram avaliados quanto a fenótipos, biomassa, produtividade e atividade respiratória mitocondrial. Os resultados revelaram que a redução da expressão da fumarase está diretamente associada às alterações fenotípicas e respiratórias. O evento 1, com o maior nível de knockdown da enzima, resultou em plantas menores, biomassa reduzida, atraso no florescimento e prolongamento do ciclo de vida. Além disso, essas plantas exibiram uma drástica diminuição no número de sementes, embora com aumento no peso individual das sementes, e sinais de comprometimento respiratório, possivelmente ligado à disfunção gerada na cadeia de transporte de elétrons (CTE). Os resultados obidos reforçam a importância da fumarase na integração entre metabolismo energético, desenvolvimento vegetal e produtividade em espécies C₄.
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A enzima fumarase desempenha um papel central no ciclo do ácido tricarboxílico (TCA), catalisando a hidratação reversível do ácido fumárico em ácido málico, atuando como uma das principais reguladoras desse processo. Em plantas C₃, estudos indicam que a redução na expressão da fumarase pode afetar não apenas a respiração celular, mas também outras vias metabólicas, como a fotossíntese e o acúmulo de carbono. Essa relação é ainda mais relevante em plantas C₄, nas quais o malato funciona como substrato tanto para a fotossíntese quanto para a respiração mitocondrial. Setaria viridis destaca-se como modelo para estudos em sistemas C₄ devido a características como porte reduzido, genoma compacto, ciclo de vida curto e proximidade filogenética com culturas bioenergéticas, como cana-de-açúcar e milho. Para investigar o impacto da fumarase no crescimento e acúmulo de biomassa, plantas de S. viridis com expressão reduzida dessa enzima — previamente geradas pelo grupo de pesquisa — foram analisadas em diferentes estágios de desenvolvimento. Os eventos transgênicos 1, 2 e 3 foram avaliados quanto a fenótipos, biomassa, produtividade e atividade respiratória mitocondrial. Os resultados revelaram que a redução da expressão da fumarase está diretamente associada às alterações fenotípicas e respiratórias. O evento 1, com o maior nível de knockdown da enzima, resultou em plantas menores, biomassa reduzida, atraso no florescimento e prolongamento do ciclo de vida. Além disso, essas plantas exibiram uma drástica diminuição no número de sementes, embora com aumento no peso individual das sementes, e sinais de comprometimento respiratório, possivelmente ligado à disfunção gerada na cadeia de transporte de elétrons (CTE). Os resultados obidos reforçam a importância da fumarase na integração entre metabolismo energético, desenvolvimento vegetal e produtividade em espécies C₄.
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VIVIANE BRITO ANDRADE
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Caracterização enzimática e estrutural de uma nova endoglucanase modular do celulossoma do fungo anaeróbio intestinal Piromyces finnis
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Orientador : WANIUS JOSE GARCIA DA SILVA
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Data: 09/06/2025
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As celulases representam cerca de 10 % do mercado mundial possuindo grande importância comercial. Celulases de fungos anaeróbicos são enzimas menos estudadas bioquímica e estruturalmente quando comparadas às celulases de bactérias e fungos aeróbios. Os microrganismos anaeróbios têm sido relatados como eficientes degradadores da biomassa lignocelulósica, permitindo suas aplicações em diversos processos biotecnológicos, como a conversão de celulose em bioetanol de segunda geração. Sua eficiência de degradação tem sido atrelada ao fato de que microrganismos anaeróbicos utilizam complexos multienzimáticos de alta massa molecular, denominados de celulossomas. Porém, diferentemente dos celulossomas bacterianos, os celulossomas fúngicos ainda são pouco estudados e caracterizados. Neste contexto, estudamos uma celulase celulossomal identificada no genoma do fungo anaeróbio Piromyces finnis, pertencente à família GH5, que é amplamente conhecida por ser ativa em uma grande variedade de substratos. Alinhamentos de múltiplas sequências de aminoácidos e dados de modelagem molecular indicaram que a celulase estudada denominada como Pf-GH5, é composta por um domínio catalítico GH5 e um módulo de ligação a carboidratos CBM1 conectados através de um módulo doquerina CBM10. Atualmente, apenas treze celulases GH5 de fungos anaeróbios foram caracterizadas bioquimicamente e apenas duas tiveram suas estruturas cristalográficas resolvidas. A sequência codificante da Pf-GH5 e de seu domínio catalítico (PfGH5_cat), foram clonadas no vetor bacteriano pET28a(+), expressas heterologamente em E. coli e purificadas por cromatografia de afinidade e exclusão por tamanho molecular. Nossos resultados revelaram que Pf-GH5 e PfGH5_cat são endoglucanases com amplo espectro de atividade catalítica, exibindo preferência pela hidrólise de β-glucano de aveia e temperaturas e pH ótimos de 40 ºC e pH 5,5 para Pf-GH5 e 45 ºC e pH 6,0 para PfGH5_cat, demostrando que a remoção do domínio doquerina impactou ligeiramente a atividade enzimática e que a ausência do CBM1 dificultou a atividade contra substratos menos solúveis. As constantes de Michaelis & Mentem (Km) determinadas para Pf-GH5 e PfGH5_cat contra o substrato β-glucano de aveia foram 7,06 e 5,99 µM, respectivamente. Além disso, análises do padrão de clivagem revelaram a produção de oligossacarídeos com amplo grau de polimerização, com provável clivagem das ligações β-1,4 e necessidade de um comprimento mínimo de cadeia de pelo menos cinco unidades de glicose. Outro achado importante é a alta flexibilidade estimada para a enzima multimodular através dos dados de SAXS e de modelagem molecular, visto que movimentos de torção e flexão foram identificados nas regiões dos aminoácidos 329 a 519, que correspondem aos domínios doquerina e CBM1, o que provavelmente impossibilitou a resolução experimental de sua estrutura tridimensional. Estes resultados sugerem que por conta da alta flexibilidade a enzima multimodular alcança cadeias de celulose de difícil acesso dentro do substrato, além de provavelmente melhorar seu efeito sinérgico com outras enzimas na estrutura supramolecular celulossômica. Esta característica atrelada à capacidade de ligar-se e clivar diferentes tipos de carboidratos evidencia o grande potencial de aplicação da Pf-GH5 em biotecnologia, como por exemplo, na conversão de biomassa lignocelulósica em biocombustíveis e bioprodutos, além de fornecer informações importantes para futuras investigações e aplicações de novas celulases de fungos anaeróbios.
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As celulases representam cerca de 10 % do mercado mundial possuindo grande importância comercial. Celulases de fungos anaeróbicos são enzimas menos estudadas bioquímica e estruturalmente quando comparadas às celulases de bactérias e fungos aeróbios. Os microrganismos anaeróbios têm sido relatados como eficientes degradadores da biomassa lignocelulósica, permitindo suas aplicações em diversos processos biotecnológicos, como a conversão de celulose em bioetanol de segunda geração. Sua eficiência de degradação tem sido atrelada ao fato de que microrganismos anaeróbicos utilizam complexos multienzimáticos de alta massa molecular, denominados de celulossomas. Porém, diferentemente dos celulossomas bacterianos, os celulossomas fúngicos ainda são pouco estudados e caracterizados. Neste contexto, estudamos uma celulase celulossomal identificada no genoma do fungo anaeróbio Piromyces finnis, pertencente à família GH5, que é amplamente conhecida por ser ativa em uma grande variedade de substratos. Alinhamentos de múltiplas sequências de aminoácidos e dados de modelagem molecular indicaram que a celulase estudada denominada como Pf-GH5, é composta por um domínio catalítico GH5 e um módulo de ligação a carboidratos CBM1 conectados através de um módulo doquerina CBM10. Atualmente, apenas treze celulases GH5 de fungos anaeróbios foram caracterizadas bioquimicamente e apenas duas tiveram suas estruturas cristalográficas resolvidas. A sequência codificante da Pf-GH5 e de seu domínio catalítico (PfGH5_cat), foram clonadas no vetor bacteriano pET28a(+), expressas heterologamente em E. coli e purificadas por cromatografia de afinidade e exclusão por tamanho molecular. Nossos resultados revelaram que Pf-GH5 e PfGH5_cat são endoglucanases com amplo espectro de atividade catalítica, exibindo preferência pela hidrólise de β-glucano de aveia e temperaturas e pH ótimos de 40 ºC e pH 5,5 para Pf-GH5 e 45 ºC e pH 6,0 para PfGH5_cat, demostrando que a remoção do domínio doquerina impactou ligeiramente a atividade enzimática e que a ausência do CBM1 dificultou a atividade contra substratos menos solúveis. As constantes de Michaelis & Mentem (Km) determinadas para Pf-GH5 e PfGH5_cat contra o substrato β-glucano de aveia foram 7,06 e 5,99 µM, respectivamente. Além disso, análises do padrão de clivagem revelaram a produção de oligossacarídeos com amplo grau de polimerização, com provável clivagem das ligações β-1,4 e necessidade de um comprimento mínimo de cadeia de pelo menos cinco unidades de glicose. Outro achado importante é a alta flexibilidade estimada para a enzima multimodular através dos dados de SAXS e de modelagem molecular, visto que movimentos de torção e flexão foram identificados nas regiões dos aminoácidos 329 a 519, que correspondem aos domínios doquerina e CBM1, o que provavelmente impossibilitou a resolução experimental de sua estrutura tridimensional. Estes resultados sugerem que por conta da alta flexibilidade a enzima multimodular alcança cadeias de celulose de difícil acesso dentro do substrato, além de provavelmente melhorar seu efeito sinérgico com outras enzimas na estrutura supramolecular celulossômica. Esta característica atrelada à capacidade de ligar-se e clivar diferentes tipos de carboidratos evidencia o grande potencial de aplicação da Pf-GH5 em biotecnologia, como por exemplo, na conversão de biomassa lignocelulósica em biocombustíveis e bioprodutos, além de fornecer informações importantes para futuras investigações e aplicações de novas celulases de fungos anaeróbios.
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