Banca de DEFESA: ANDRÉ LUIZ DOS SANTOS

Uma banca de DEFESA de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : ANDRÉ LUIZ DOS SANTOS
DATA : 28/07/2020
HORA: 14:00
LOCAL: CAMPUS DE SANTO ANDRE - A DISTÂNCIA
TÍTULO:

Protocolo para Estudo de Estabilidade de Proteínas por meio da Perturbação local de Ângulos Diedros

PÁGINAS: 20
RESUMO:

Neste trabalho investigamos a aplicação de um protocolo para estudar perturbar estrturas protéicas por meio dos ângulos diedrais (Cα e Cβ) do backbone localmente por meio de janelas deslizantes ao longo da sequência da macromolécula.   Esse tipo de protocolo pode ser útil  no estudo de estabilidade de proteínas e no estudo de processos de mudança conformacional. O protocolo é inspirado na MDeNM (Molecular Dynamics with excited Normal Modes), na qual a excitação é calculada  a partir dos ângulos diedrais ao invés de  modos normais. As duas etapas fundamentais são: i)  excitação por meio de perturbação dos diedros e a ii) a perturbação é feita através do método de janelas deslizantes. A primeira etapa está relacionada com varredura local do espaço conformacional, e a segunda está associada com uma maior contribuição dos primeiros vizinhos para estabilidade local. Para validação do protocolo, aplicamos a nova metodologia a 4 sistemas: SH3, mioglobina, lisozima e Prion. As três primeiras são amplamente utilizadas na validação de novas metodologias por possuir suas propriedades estruturais e termodinâmicas bem caracterizadas. A comparação com  dados experimentais e teóricos (in silico) indicou que esse novo protocolo é capaz  de prever regiões estáveis e não estáveis.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - Interno ao Programa - 1563992 - ANA LÍGIA SCOTT
Membro Titular - Examinador(a) Interno ao Programa - 1761107 - RICARDO SUYAMA
Membro Titular - Examinador(a) Externo à Instituição - ANGELO JOSE MAGRO - UNESP
Membro Titular - Examinador(a) Externo à Instituição - ALEXANDRE SUMAN DE ARAUJO - UNESP
Membro Titular - Examinador(a) Externo à Instituição - RONALDO OLIVEIRA JUNIO - UFTM
Membro Titular - Examinador(a) Externo à Instituição - LEONARDO CALDERON - UNIR
Membro Suplente - Examinador(a) Externo ao Programa - 1623562 - RODRIGO LUIZ OLIVEIRA RODRIGUES CUNHA