Banca de QUALIFICAÇÃO: MUHSEN HAMMOUD

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE : MUHSEN HAMMOUD
DATA : 12/06/2019
HORA: 09:00
LOCAL: Sala 303, 3º andar do Bloco B, no campus Santo André
TÍTULO:

Análise Visual para a Exploração de Superárvores Filogenéticas e Unidades Topográfica

PÁGINAS: 76
RESUMO:

Em ciências biológicas, dendrogramas - ou árvores - são úteis para apresentar informações sobre relações evolutivas e história biogeográfica em um formato hierárquico. Definidas como gráficos acíclicos enraizados ou não enraizados, as árvores podem ser baseadas em evidências genéticas, moleculares, morfológicas, geológicas, comportamentais ou geográficas. O processo de estimativa de árvores geralmente é computacionalmente intensivo. Em estudos de grande alcance, quando se está lidando com muitos grupos biológicos diferentes ou com uma história biogeográfica complexa, técnicas como os métodos supertree podem ser usados para criar uma grande árvore que combina nós convergentes de um conjunto de pequenas árvores. Apesar dos muitos métodos desenvolvidos para a construção de superestrutura, a Matrix ``Representation with Parsimony (MRP)'' ainda é extensivamente usada para transformar cada árvore separada em uma matriz de ausência / presença binária. No entanto, o procedimento de MRP tem limitações: 1) falta de uma ferramenta automatizada de fácil uso e fácil acesso para preparar representações de matriz a partir das topologias originais, bem como a matriz combinada; e 2) a falta de técnicas de visualização verdadeiramente interativas para explorar a superárvore resultante e aplicar análises adicionais sem a necessidade de iniciar o processo desde o início. Neste trabalho, propusemos uma solução para as duas limitações mencionadas que se baseia no conceito de analíticas visuais (Visual Analytics). Motivado pelo procedimento atual de construção de supertree e discussões com especialistas de domínio, apresentamos um estudo preliminar de requisitos, uma estrutura geral para duas abordagens analíticas visuais e as partes desenvolvidas de ambas as abordagens. A primeira é a ``interactive Phylogenetic Supertree (iPhyloS)'', que lida com apresentações em grande escala de relações evolutivas entre grupos biológicos, enquanto a segunda é a ``interactive Topographic-Units Supertree (iTUS)'', que lida com dados de endemismo de espécies. Desenvolvemos e testamos os componentes de análise de dados do iPhyloS e iTUS na forma de duas ferramentas on-line autônomas: 1) ``Building combined MRP-matrices (BuM)'', para iPhyloS, e 2) ``interactive Topographic-Unit Parsimony Analysis (iTUPA)'', para iTUS. O BuM é uma ferramenta online para lidar com a preparação das matrizes MRP de múltiplas árvores filogenéticas e combinar os dados resultantes em uma única supermatriz. O BuM mostrou-se uma ferramenta confiável para construir matrizes MRP combinadas a partir de topologias originais. O iTUPA é um aplicativo automatizado on-line para gerar matrizes de ocorrência de espécies versus unidades topográficas previamente definidas e analisá-las por meio de uma abordagem de parcimônia. O iTUPA permite visualizar interativamente os dados do endemismo e a topografia previamente definida com a API do Google Maps. Tanto o iPhyloS quanto o iTUS possuem um componente de visualização interativo diferente para cada sistema. Nós integramos o phylotree.js em nossas ferramentas desenvolvidas para criar um protótipo do sistema supertree. Esta biblioteca será aprimorada para atender a todos os requisitos definidos e para atingir o objetivo final de desenvolver um sistema completo, baseado em analíticas visuais, para explorar super-árvores filogenéticas e de unidades topográficas.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - Interno ao Programa - 1672977 - JOAO PAULO GOIS
Membro Titular - Examinador(a) Interno ao Programa - 1722875 - DAVID CORREA MARTINS JUNIOR
Membro Titular - Examinador(a) Externo ao Programa - 1308531 - TIAGO FERNANDES CARRIJO