O repetoma de Scuticaria Lindl.(Maxillariinae, Orchidaceae) diverge entre os biomas de distribuição do gênero?
Scuticaria é um gênero pequeno com 11 espécies, das quais nove são microendêmicas. O gênero se destaca por suas características morfológicas, como flores grandes e duradouras e folhas teretes, e também por aspectos citogenéticos: embora compartilhe o número cromossômico comum da subtribo (2n=40), apresenta cromossomos e tamanho de genoma maiores que os de espécies próximas. A amplificação de sequências repetitivas do genoma é apontada como provável causa desse aumento genômico. Apesar de suas características únicas, estudos filogenéticos sugerem que Scuticaria é parafilético, com suas espécies se agrupando de acordo com o bioma: um clado amazônico e outro unindo espécies da Mata Atlântica e dos campos rupestres. Para testar a monofilia de Scuticaria, novos marcadores para o gênero e espécies próximas foram sequenciados, e as análises de Máxima Parcimônia, Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana foram realizadas com as regiões atpB, ITS, matK, rbcL e ycf1. Em todas as três árvores resultantes, Scuticaria foi recuperada como monofilética, evidenciando que problemas taxonômicos anteriores ocorreram por baixa amostragem. Para investigar as sequências repetitivas que causaram o aumento do tamanho do genoma e se elas são compartilhadas entre biomas, os genomas de cinco espécies foram sequenciados: S. steelei (amazônica), S. itirapinensis e S. irwiniana (campos rupestres), S. kautskyi e S. hadweeni (Mata Atlântica). O pipeline RepeatExplorer2 foi utilizado para identificar e quantificar as sequências mais representativas. Em todas as espécies, o tipo de sequência predominante foi o elemento Ty3-gypsy Ogre, representando cerca de 70% do genoma. Contudo, a análise comparativa revelou que algumas linhagens mais representativas desse elemento foram amplificadas de maneira diferencial entre os biomas.